É caracterizada pela presença de estuários de altíssimo potencial pesqueiro, campos naturais, berçário de espécies marinhas, área de ninhais, área de lagos, presença de babaçuais, jaçurais, manguezais, aves ameaçadas e migratórias e pesca de grande importância social.

Apesar de instituída em 2018, a RESEX Itapetininga ainda não possui plano de manejo, e este, segundo o SNUC (Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza), deve ser elaborado no prazo de 5 anos a partir da data de criação da Unidade de Conservação como estabelece a Lei 9.985/2000.