Possui uma área total de 186.908 hectares, caracterizada por uma costa sinuosa formada por baías rasas e estuários separados por penínsulas lamosas cobertas por mangue. Essas áreas apresentam grande diversidade, sendo consideradas berçário para a maioria das espécies pesqueiras de valor comercial. No local, há grande presença de populações tradicionais, com potencialidade para a pesca e o extrativismo sustentável, artesanato, cultura popular e ecoturismo comunitário e sustentável.

Apesar de instituída em 2018, a RESEX Arapiranga Tromai ainda não possui plano de manejo, e este, segundo o SNUC (Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza), deve ser elaborado no prazo de 5 anos a partir da data de criação da Unidade de Conservação como estabelece a Lei 9.985/2000.