A modelagem hidrodinâmica pode ser aplicada em qualquer corpo hídrico. Assim, a modelagem foi utilizada em um dos maiores rios do mundo, o rio Amazonas! Além dele, o rio Tapajós, o Xingu e o Tocantins também foram inclusos no modelo desenvolvido por Borba & Rollnic (2016). Esse conjunto de rios foi denominado de Sistema rio Pará-Amazonas, localizado no Pará.
A modelagem hidrodinâmica pode ser feita através de diversos programas, como o MIKE, o SisBaHiA, o Delft 3D, entre outros. No desenvolvimento do modelo do Sistema rio Pará-Amazonas, foi utilizado o Delft3D. Para conseguir adquirir os dados do modelo, os autores adicionaram cinco seções transversais (L1 a L5) para avaliar a descarga fluvial neste sistema estuarino.